Alain nació en una familia musical. Su padre, Albert Alain (1880 – 1971), fue un organista, compositor (469 números de opus, en su mayoría piezas corales litúrgicas breves) y constructor de órganos; su abuela materna estudió con Chopin y se supone que fue una excelente pianista. Sus tres hermanos también se convertirían en músicos profesionales.
Alain empezó a recibir clases de música en cuanto creció lo suficiente para sentarse frente a un teclado. Recibió sus primeras clases de piano con Augustin Pierson, el organista de Saint-Louis en Versalles, y de órgano con su propio padre. Para la edad de once, Jehan sustituía a su padre en St. Germain-en-Laye. A la edad de 18 se convirtió en compositor.
Entre 1927 y 1939, asistió al Conservatorio de París, donde estudió armonía con André Bloch, fuga con Georges Caussade, órgano con Marcel Dupré y composición, primero y brevemente, con Paul Dukas y, después, con Jean Roger-Ducasse.
En su breve carrera logró escribir unas 140 piezas. La mayoría de estas son obras para órgano, aunque también firmó música coral, de cámara, canciones y tres volúmenes de música para piano. Su lenguaje musical fue influenciado por la primera etapa de Debussy, por Satie, por la música, la danza y las filosofías del Lejano Oriente, por la música antigua (desde el canto gregoriano hasta el Barroco) y por el jazz.
Además, fue un excelente dibujante, escribió poemas y relatos cortos y le gustaba reparar y conducir motocicletas. Su personalidad combinaba un sutil sentido del humor con una profunda sensibilidad y fe religiosa. Fue amigo de Messiaen.
Murió en combate en la Segunda Guerra Mundial.
¿Cómo puedo empezar a conocer su música?: Con su obra más famosa, sus Litanies (1937)…
